Напомним, что с 1936 года в соборе располагался местный краеведческий музей, благодаря этому храм избежал разрушения и был сохранен. По договоренности между учреждением культуры и православной общиной Казанского храма в церкви в течение двух последних десятилетий по праздничным дням проводились молебны.

17 мая 2016 года Устюженский Собор Рождества Богородицы передали в собственность Череповецкой епархии Вологодской митрополии. Экспозиция Устюженского краеведческого музея также осталась в соборе.

В престольный праздник Рождества Богородицы в сентябре 2018 года в соборе прошло первое Всенощное Бдение, которое возглавил епископ Череповецкий и Белозерский Флавиан.

Первая Литургия для устюжан состоялась уже в новом 2019 году, в день Собора Пресвятой Богородицы. Литургию возглавил епархиальный секретарь, митрофорный протоиерей Александр Куликов, ему сослужил протоиерей Константин Лобанов, настоятель Казанского храма. В конце службы отец Александр поздравил всех присутствующих устюжан с этим событием.

.